Nach dem dritten Weltkrieg ist die Erdoberfläche verwüstet und die radioaktive Strahlung hat zu vielen Mutationen geführt, die auch Zombies hervorgebracht haben. Nur die Stärksten unter den Menschen haben überlebt. Sie formieren sich als Ninja-Clans, deren Zufluchtsort ein gigantischer Atomschutzbunker tief unter der Erde ist. Neben vielen anderen rivalisierenden Ninja-Orden, hat auch der Clan von Großmeister Fumitaka (Cary-Hiroyuki Tagawa) hier sein Domizil. Alle Schüler werden in die untersten Räume des Bunkers geladen, um die aktuelle Lage zu besprechen, doch dann wird Fumitaka Opfer eines Attentats. Des Mordes beschuldigt wird der "Lost-Clan". Fortan müssen die jungen Ninjas Cage (Christian Oliver) und Surge (Les Brandt) zusammen mit ihren Freunden einen Weg an die Oberfläche kämpfen. Dabei stehen ihnen Horden von Ninjas, Monstern und Zombies gegenüber.
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