Die vier chaotischen Pinguine Skipper (gesprochen von Tom McGrath), Kowalski (Jeff Bennett), Private (James Patrick Stuart) und Rico (John DiMaggio) und ihre Freunde sind zurück und erleben ein neues großes Abenteuer! Ihr nächster großer Coup steht bevor: Operation Antarktis. Doch alleine der Weg dahin ist alles andere als einfach. Vor Ort müssen sie ihre neue Freundin – eine Robbe – retten. Der König der Lemuren – Julien XIII. – unterstützt sie bei ihrem schwierigen Unterfangen. Doch überall lauern Gefahren. Die sympathische Vierergruppe (bekannt aus „Madagascar“) muss sich höllisch in Acht nehmen – vor allem vor gefräßigen Robben. Anführer Skipper hat alle Hände voll damit zu tun, die Gruppe auf Kurs zu halten und die Gefahren mit seinen Freunden zu meistern. Mission Antarktis soll am Ende schließlich ein voller Erfolg werden.
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