Callum Lynch (Michael Fassbender) soll wegen Mordes hingerichtet werden, doch kurz bevor das Urteil vollstreckt wird, kommt er im Auftrag der Firma Abstergo Industries in die Einrichtung der Wissenschaftlerin Sophia Rikkin (Marion Cotillard) nach Madrid, wo Menschen mit hohem Gewaltpotenzial geheilt werden sollen. Nur wenig später erfährt Callum ...