1999: Bei Bohrungen auf den Philippinen werden Überreste gigantischer Kreaturen gefunden. Etwas entkommt. Kurz darauf kommt es in dem japanischen Atomkraftwerk, bei dem der Amerikaner Joe Brody (Bryan Cranston) beschäftigt ist, zu einer Katastrophe. 15 Jahre später ist die Großstadt rund um das Kraftwerk als atomar verseuchtes Sperrgebiet ...