Rüdiger war ein Kind, Aki zwei Monate alt und Kurt der Stellvertreter des pädophilen Sektenchefs. Sie kamen 1962 gemeinsam mit 500 anderen deutschen Sektenmitgliedern nach Chile und lebten über 40 Jahre weggeschlossen von der Welt. Der Film erzählt den Versuch, nach Jahrzehnten von Verbrechen wie Folter und Mord als Kollektiv weiter zu bestehen. Es sind deutsche Geschichten von Verdrängung, Sehnsucht, romantischem Schwärmen und Verzweiflung. Es ist ein Film über Schuld, Opfersein und dem Umgang damit. "Deutsche Seelen - Leben nach der Colonia Dignidad" zeigt konfliktreiche, persönliche Geschichten, die jedoch weit über das Persönliche hinaus etwas über die Funktions- und Wirkungsweisen totalitärer Systeme und deren Folgen für den Einzelnen erfahrbar machen.