Für Senator Robert Fraser (Chuck Connors), die beiden Trickdiebe Barnaby (Bill Fraser) und Swallow Bath (Kenneth Connor) sowie zwei weitere Mitreisende endet eine Atlantiküberfahrt in den Fluten des Meeres. Im Gegensatz zum Rest der Passagiere werden sie aber wenigstens von Kapitän Nemo (Robert Ryan) mit dessen U-Boot Nautilus vor dem Ertrinken gerettet. Nemo bringt sie in die Unterseestadt Templemere, über deren Lebensgemeinschaft er herrscht. Die Anlage ist eine technische Meisterleistung. Da Nemo die Existenz seines privaten Reiches geheim halten will, lässt er es nicht zu, dass seine „Gäste“ den Ort jemals wieder verlassen können. Damit ist Fraser aber nicht einverstanden. Denn auf der Höhe des amerikanischen Bürgerkriegs befindet er sich auf einer diplomatischen Mission, um die Europäer davon zu überzeugen, keine Waffen an die Südstaaten zu liefern. Gemeinsam mit Barnaby und Swallow will er fliehen.