Der riesige Affe Abraham führt unter der Aufsicht von Wissenschaftler*innen (u. a. Jared Rivet und Ashley Ahlquist) auf der Forschungsinsel Watkins Island ein ruhiges Leben. Unweit seiner Heimat wird dann jedoch in den Tiefen des Ozeans ein gigantisches außerirdisches Monster aus seinem Jahre währenden Schlaf erweckt. Abraham stellt sich der Kreatur zum Kampf, wird aber schwer verletzt und um ein Haar von ihr getötet. Nun liegt die Hoffnung der Menschheit auf dem neu entwickelten, von Rio Tsukumoto (Jessica DeBonville) gesteuerten Riesenaffenroboter Mecha Ape II. Gemeinsam mit Abraham soll er das Monster besiegen, bevor es seinen Weg zum Festland findet und dort tausende von unschuldigen Menschen in Lebensgefahr bringt …
„Ape X Mecha Ape New World Order“ ist der dritte Film in der mit „Ape Vs. Monster“ (2021) gestarteten und mit „Ape Vs. Mecha Ape“ (2023) weitergeführten Reihe.