Sechs Monate nach einer außerirdischen Invasion auf der Erde, organisiert eine kleine Gruppe überlebender Menschen in der Nähe von Boston den Widerstand. Zu ihr gehört der ehemalige Geschichtsprofessor Tom Mason (Noah Wyle), der aber immer wieder mit dem militärischen Anführer Captain Weaver (Will Patton) aneinander gerät. Die Außerirdischen entführen die Kinder der Menschen und nutzen sie als Sklavenarbeiter. Auch Toms Sohn Ben ist entführt worden. Während er ihn befreien will, muss er gemeinsam mit der schönen Ärztin Anne (Moon Bloodgood) auch herausfinden, was die Außerirdischen antreibt. Denn sie zu verstehen, könnte der Schlüssel zur Befreiung der Menschheit sein.
Das Jahr 1865. Der Bürgerkrieg ist vorbei. Präsident Lincoln ist tot. Die neu reformierten Vereinigten Staaten gehen noch am Krückstock. Männer und Frauen ziehen in großer Zahl gen Westen, wo sie auf Arbeit hoffen. Denn dort entsteht eines der größten Werke des 19. Jahrhundert: die Eisenbahntrasse quer durchs Land. Auch mehrere Männer ziehen aus unterschiedlichen Motiven gen Westen. Der Südstaatler Cullen Bohannon (Anson Mount) will Rache für die Vergewaltigung und Ermordung seiner Frau durch Soldaten der Union. Der nun freie Sklave Elam Jefferson (Common) kämpft verzweifelt für Respekt in einem Land, das ihm diesen weiter verweigert. Und ein Indianer-Stamm kämpft gegen den Bau der Trasse für das „große eiserne Pferd“ auf ihrem Land und hofft mit brutalen Attacken den weißen Mann vertreiben zu können. Doch am Ende wird die Eisenbahn gebaut werden, die Frage ist nur, was es alle Beteiligten kosten wird.