Seine Mutter starb an der Pest, weswegen der 14-jährige Krabat (David Kross) mit zwei Freunden als Bettler durch die Lande zieht und dabei immer wieder den Spuren des Dreißigjährigen Krieges begegnet. Er folgt einer mysteriösen Stimme bis zu einer Mühle, deren Meister (Christian Redl) ihn erwartet und als Lehrling bei sich wohnen lassen möchte. Krabat sagt zu. Doch bald merkt er, wie wenig ihn die anderen Lehrlinge mögen. Nur mit Altgeselle Tonda (Daniel Brühl) freundet er sich an. Durch seinen Fleiß erkämpft sich Krabat das Wohlwollen des Müllers und wird in den Kreis der Mühle aufgenommen – als Schüler der Schwarzen Magie. Zunächst genießt er die neugewonnene Macht und die aufkeimenden Gefühle zur jungen Kantorka (Paula Kalenberg). Dann jedoch lernt Tonda das schreckliche Geheimnis der Mühle kennen. Der Müller opfert pro Jahr einen der Lehrlinge, damit sein eigenes Leben verlängert wird...