Das Jahr 2415: Die Menschen erholen sich noch immer von einer Viruskatastrophe, der fast alle Erdbewohner zum Opfer fielen. Bregna ist ein hermetisch abgeriegelter Stadtstaat mit totalitärem System und wird von einer Gruppe von Wissenschaftlern unter der Führung der Brüder Trevor (Marton Csokas) und Oren Goodchild (Jonny Lee Miller) regiert. Aeon Flux (Charlize Theron) gehört der Untergrundbewegung der Monicans an. Als ihre Schwester Una Flux (Amelia Warner) von Regierungsagenten umgebracht wird, schwört sie Rache. Auf Befehl ihrer Rebellenführerin (Frances McDormand) zieht sie gemeinsam mit Kampfgefährtin Sithandra (Sophie Okonedo) aus, um Trevor Goodchild zu töten und den Staat zu stürzen. Beim Einbruch in die hochgesicherten Staatsgebäude sind nicht nur Aeons akrobatische Fähigkeiten gefragt. Sie ist die perfekte Attentäterin, eine tödliche menschliche Waffe. Doch das ist nicht genug, der Anschlag misslingt - womit die Komplikationen aber erst anfangen...
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